So với phương pháp truyền thống là phết tế bào tử cung lên lam kính một cách thủ công thì xét nghiệm PAP mới tỏ ra có ưu thế hơn hẳn. Do phụ thuộc vào kỹ thuật của người phết, nên nhược điểm của phương pháp truyền thống là mẫu phết không đều tay cho nên tại các vị trí mẫu phết dày thường gây khó quan sát cho kỹ thuật viên và nhà giải phẫu bệnh.

Một nhược điểm nữa là với những mẫu nhiều chất nhầy và tạp khuẩn thì có thể hạn chế bộc lộ rõ tế bào cổ tử cung. Các điểm này sẽ làm cho kết quả thu được kém chính xác hơn. Trong khi đó, phương pháp xét nghiệm Pap mới NOVAPREP PAP TEST, mẫu tế bào từ cổ tử cung được đưa vào lọ có chứa chất bảo quản đặc biệt.