Chính trong thời gian này, các Pharaoh đã tìm kiếm vị trí và xây dựng những ngôi mộ phức tạp, hoành tráng, công phu để chứng tỏ quyền lực, tầm ảnh hưởng của họ và dần tạo nên Thung lũng các vị vua. Đây là nơi chôn cất của hầu hết các Pharaoh nổi tiếng của đế chế hùng mạnh này như Tutankhamun, Seti I và Ramesses II... Ngoài ra, Thung lũng còn là nơi chôn cất các nữ hoàng, thành viên hoàng tộc và các quan chức cao cấp của các triều đại Ai Cập cổ đại.

63 lăng mộ nằm rải rác trên hai thung lũng là Thung lũng Đông và Thung lũng Tây. Vị trí đặc biệt hẻo lánh là yếu tố then chốt để bảo vệ khu mộ bởi những kẻ trộm. Các hầm mộ được xây dựng dựa vào các vách đá, đây là kiểu kiến trúc dựa vào yếu tố tự nhiên, tạo nên sự khác biệt về kích thước cũng như sự phức tạp của từng lăng mộ. Một số hầm xây dựng công phu, lên đến 120 phòng, trong khi một số ngôi mộ khác chỉ đơn độc một căn phòng.

Bên trong các hầm mộ chứa đầy những vật phẩm quý hiếm được chuẩn bị riêng cho các Pharaoh, nữ hoàng... có giá trị rất lớn vào thời đó để thể hiện quyền lực của người đã mất. Điều này cũng phù hợp với tín ngưỡng của người Ai Cập cổ là chuẩn bị đủ mọi đồ đạc cho người đã khuất để họ tiếp tục cuộc sống bên kia thế giới. Dù Thung lũng của các vị vua đã bị kẻ trộm mộ cướp đi rất nhiều nhưng phần trang trí nội thất vẫn thể hiện được sự xa hoa, quyền lực.

Cách trang trí bên trong hầm mộ cũng giúp ta hình dung được những nghi thức, tín ngưỡng về tang lễ của người Ai Cập cổ đại. Những xác ướp được bọc kín kĩ càng với công nghệ cao nhất nhằm đảm bảo cơ thể nguyên vẹn và linh hồn sẽ quay lại sau 5000 năm.

Lăng mộ lớn nhất của Thung lũng là của các con trai của Ramesses II (1303 - 1213 TCN). Mặc dù chỉ được khai quật một phần, nhưng nhiều nhà khảo cổ tin rằng, ít nhất 4 trong số 52 người con trai của Pharaoh đã được chôn cất tại địa điểm này. Tính đến năm 2006, lăng mộ này đã có 200 hành lang và phòng, làm cho nó trở thành cấu trúc phức tạp nhất trong khu vực. Tuy nhiên, giống như hầu hết các lăng mộ trong Thung lũng, nó cũng đã bị cướp đi phần lớn các vật bồi táng.

Lăng mộ nổi tiếng nhất là của vua Tutankhamun, tuy nhiên lăng mộ này có kích thước khá nhỏ. Các nhà khảo cổ học phỏng đoán rằng, do vị vua chết trẻ (chỉ khoảng 18 hoặc 19 tuổi) nên họ phải gấp rút xây dựng lăng mộ trong thời gian ngắn. Dù vậy, ngôi mộ vẫn là một trong những khám phá quan trọng nhất của các nhà khảo cổ chuyên nghiên cứu về Ai Cập do lưu giữ được số đồ bồi táng khổng lồ và chưa bị những kẻ trộm mộ phá hủy.

Trong quá trình khai quật và khám phá lăng mộ của vua Tutankhamun đã có nhiều sự kiện kỳ bí xảy ra như có người mắc bệnh lạ, thiệt mạng... Từ đó, dư luận dấy lên lời nguyền về cổ mộ vua Tut nên không ai có thể bén mảng tới gần thậm chí là những kẻ trộm mộ.

Ở phía Tây Thung lũng có 4 ngôi mộ, tuy nhiên do không quá nổi tiếng nên có rất ít du khách đến tham quan.

Lăng mộ bất thường nhất là của Amenhotep III. Không chỉ xây dựng phòng cho mình mà ông còn xây dựng cả phòng cho vợ và đặt chung cùng một lăng mộ.

Gần Thung lũng của các vị vua là một khu chôn cất các bà vợ của Pharaoh được gọi là Thung lũng của các nữ hoàng. Khu lăng mộ này cũng được tạc vào các vách đá với hơn 100 ngôi mộ. Nổi tiếng nhất là lăng mộ của nữ hoàng Nefertari, vợ của Ramesses II.

Hiện nay, du khách đã có thể tham quan các hầm mộ dưới sự hướng dẫn của nhân viên chịu trách nhiệm tại Thung lũng các vị vua Ai Cập./.