Đơn vị kiểm toán có ý kiến ngoại trừ. Theo đó, Petec đang ghi nhận khoản phải thu khác từ Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) liên quan đến khoản lỗ luỹ kế đến ngày 18/5/2011 (thời điểm chuyển sang CTCP) với số tiền gần 170 tỷ đồng. Khoản mục này phát sinh từ việc xác định phần vốn Nhà nước nhưng chưa được PVN và các cơ quan Nhà nước có liên quan phê duyệt quyết toán.

Đơn vị kiểm toán cũng nhấn mạnh, tại ngày 24/10/2017, Kiểm toán Nhà nước ra thông báo về việc truy thu thuế bảo vệ môi trường giai đoạn 2015-2016 tại Tổng Công ty Dầu Việt Nam (PV Oil) gần 14 tỷ đồng. Theo đó, ngày 14/11/2017, Petec đã có văn bản gửi Kiểm toán Nhà nước giải trình số tiền truy thu thuế bảo vệ môi trường. Đến thời điểm này, Petec chưa hạch toán khoản tiền truy thu thuế bảo vệ môi trường này mà chờ kết quả xử lý kiến nghị.

Ngoài ra, tại thời điểm cuối năm 2020, Petec có số dư nợ ngắn hạn lớn hơn số dư tài sản ngắn hạn là 262 tỷ đồng, trong đó khoản phải trả cho PV Oil là 531 tỷ đồng. Khả năng hoạt động liên tục của Petec phụ thuộc vào các hoạt động có lãi trong tương lai và thanh toán nợ đến hạn của các công ty trong tập đoàn. 

Tại thời điểm cuối năm 2020, tổng tài sản của Petec giảm 94 tỷ đồng xuống mức 1.352 tỷ đồng. Trong đó dự phòng phải thu ngắn hạn khó đòi lên tới 658 tỷ đồng.  

2020 là năm thứ 10 liên tiếp Petec chìm trong thua lỗ với 102 tỷ đồng, nâng lỗ luỹ kế lên tới 1.812 tỷ đồng. 

Trong năm 2020, Petec tiếp tục chìm trong thua lỗ do lãi gộp hoạt động kinh doanh xăng dầu giảm so với cùng kỳ quý trước do giá dầu thô biến động phức tạp, đặc biệt thị trường trong nước cạnh tranh khốc liệt cùng với tác động kép từ ảnh hưởng của đại dịch Covid-19 dẫn đến sản lượng sụt giảm làm lỗ tồn kho.

Đồng thời, doanh thu hoạt động kinh doanh kho giảm so với cùng kỳ do khách hàng giảm nhu cầu thuê dung tích kho. Ngoài ra, Petec có quy mô tài sản lớn dẫn đến định phí chiếm tỷ trọng cao trong tổng chi phí, khoảng 80%.