Riêng về đường con cái, sử cũ cho hay tháng 4 năm Bính Thìn (1136), Lê Hoàng hậu hạ sinh Thái tử Lý Thiên Tộ. Nhưng trước đó bốn năm, vào tháng 5 năm Nhâm Tý (1132), hoàng thứ trưởng tử là Lý Thiên Lộc lại đã được sinh ra. Tuy mang danh phận là con của người thiếp nhưng do các bà hoàng hậu khác chưa sinh được con trai, bởi vậy vua Lý Thần Tông sau đó đã chọn Thiên Lộc làm người nối dõi ngai vàng nhà Lý sau này.

Tháng 9 năm Mậu Ngọ (1138), vua dù lúc bấy giờ đang ở cái tuổi thanh niên giàu sức sống với 23 xuân, nhưng hiềm nỗi long thể bất an, mang trọng bệnh sắp mất, vấn đề người kế vị bởi thế được đặt ra.

Khi vua Lý Thần Tông bệnh nặng, Đại Việt sử ký toàn thư chép, ba bà vợ của vua là “Cảm Thánh, Nhật Phụng, và Phụng Thánh muốn đổi lập thái tử khác, mới sai người đem của đút cho Tham tri chính sự Từ Văn Thông, nói rằng nếu có vâng mệnh thảo di chiếu thì chớ bỏ lời của ba phu nhân. Văn Thông nhận lời”. Vốn Tham tri chính sự theo Từ điển chức quan Việt Nam, là chức Thứ tướng trong triều đình, thường lấy Thị lang hoặc Gián nghị đại phu mà giữ chức ấy, kể ra không phải là nhỏ. Từ Văn Thông được của đút từ ba vị mẫu nghi thiên hạ, sẵn sàng nhận lời làm việc khuất tất. Lúc này, vua Thần Tông biết mình ốm nặng khó qua khỏi, mới sai Văn Thông soạn di chiếu để chọn người kế vị. Hẳn nhiên trong ý định của vua, Lý Thiên Lộc bấy giờ 7 tuổi đã được chọn làm vua tương lai rồi.

Đại Việt sử ký toàn thư cho biết, vốn trước đó Từ Văn Thông vì tham vàng mã nhận của đút rồi, nên “tuy vâng mệnh vua, nhưng nhớ lời dặn của ba phu nhân, cứ cầm bút mà không viết”. Để thuyết phục đấng quân vương đang lúc gần đất xa trời, nhân đó ba vị phu nhân cùng đến bên long sàng của vua mà dùng nước mắt đàn bà, khóc lóc dùng cái lẽ rằng xưa nay, lập người kế vị ngai vàng phải lấy con trai trưởng chứ không thể lấy con thứ. Việc ấy, trong Quốc sử toản yếu còn để lại lời họ: “Ba phu nhân đến khóc lóc nước mắt giàn giụa nói: “Xưa lập con nối ngôi thì lập đích không lập thứ, Thiên Lộc là con người thiếp được ái sủng. Nếu cho nối ngôi thì mẹ Thiên Lộc sẽ tiếm quyền, thế thì lòng đố kị, ghen ghét nẩy sinh, mẹ con thiếp có thể tránh khỏi họa nạn ư?”.

Vua đang lúc mê mệt, Việt sử cương mục tiết yếu cho hay, nghe lời những bà vợ thì thương cảm mà ngay lập tức xuống chiếu rằng “Thiên Tộ tuy còn nhỏ nhưng là con đích. Hãy để Thiên Tộ nối ngôi của Trẫm”, liền lập Thiên Tộ làm Thái tử. Thế rồi sau đó, tuổi dẫu còn xuân, mà vua đã thành người thiên cổ, như lời Việt sử lược chép: “Vua mệt, mất ở điện Vĩnh Quang, thọ 21 tuổi [đúng ra là 23 tuổi], ở ngôi 10 năm, miếu hiệu là Thần Tông, cải nguyên hai lần, táng ở phủ Thiên Đức”.

Trong trường hợp này, vua Lý Thần Tông, vì bệnh tật mà băng hà. Ngai vàng có người kế vị là hợp lẽ. Mà theo truyền thống cha truyền con nối của phong kiến phương Đông, quả là thường chọn con trưởng, dòng đích để giữ ngai vàng. Ngặt nỗi ở đây, vua đang lúc sự sống mỏng manh như sợi chỉ, kẻ tôi thần như Từ Văn Thông vâng lệnh đã không đặt bút thảo di chiếu, lại trước đó còn tham của mà nhận đồ đút lót để thuận theo ý của các bà hoàng. Lại các vợ vua, chồng sắp mất chẳng khóc than thương xót thì chớ, chỉ chăm chăm khóc lóc vì ngai vàng tương lai có thể ảnh hưởng đến mình. Vua Lý Thần Tông trong lúc cấp kỳ nghe lời ba bà vợ, cùng những giọt lệ thường tình của phụ nữ, dễ gì tỉnh táo mà lựa chọn cho sáng suốt, thế nên dẫu trước đó Lý Thiên Lộc đã được chọn rồi, thì trong giờ phút chông chênh giữa hai thế giới, vua nghe lời ba phu nhân mà thay đổi di chiếu, nên ngai vàng nhà Lý về sau, có vua 3 tuổi Lý Anh Tông ngồi, nhưng người quyết việc, không phải là ấu chúa.

Sử thần Ngô Sĩ Liên nhà Lê khi biên soạn bộ Đại Việt sử ký toàn thư, đến phần này, đã thẳng thắn phê bình cái việc bất nhất từ vua đến tôi của nhà Lý là: “Thần Tông kế thừa cơ nghiệp rất thịnh từ các bậc tiên vương, là bậc thiên tử thời thái bình, bỏ con đích còn ẵm bú, muốn lập con thứ đã lớn. Đại khái là răn dè với những sai lầm mà thuở nhỏ mình từng mắc, nhưng chí ấy không thành. Từ Văn Thông nhận hối lộ thì đã rõ ràng. Lời của ba phu nhân là thẳng thắn vậy. Tiếc thay không gọi ngay các đại thần phò xã tắc đến để gửi gắm con côi. Kẻ bề tôi gian tà giao kết với người trong triều làm hỏng việc, tự xưa đã có”.

Còn Ngô Thời Sĩ trong sách Việt sử tiêu án cũng có lời bàn. Theo đó chê trách vua Lý Thần Tông do không có người sư phó (thầy dạy) tốt nên không hiểu lễ nghĩa, lại mắc bệnh sùng đạo, mê tín… để từ đó đi đến kết luận trách nhiệm của bề tôi trong việc giúp vua trị nước: “Vua Thần Tôn, Anh Tôn thì tả hữu không được người nào, đến nỗi chính sự thiếu sót rối ren, kẻ gian tà làm loạn triều chính. Cho nên việc dùng người để lên ngôi tướng, không thể nào không thận trọng được”.

Đời sau thời nhà Nguyễn, vua Tự Đức thân cũng là người ngôi ngai vàng, khi xét lại việc của tiền nhân triều đại trước, đã có thơ vịnh Lý Thần Tông trong Ngự chế Việt sử tổng vịnh:

Tướng dẹp giặc, vua lo tạ Phật,

Bắt được hươu, nịnh dễ thăng quan.

Huống lúc truyền hiền đương tựa ghế,

Văn Thông dừng bút chẳng ghi danh.

Ý để chê trách vua Lý Thần Tông mộ Phật đạo, đến nỗi dẫu quân tướng đánh thắng giặc, nhưng lại quy công cho Phật. Kẻ dâng thú lạ thì được bổ quan chức và kết cục của vua, bị Văn Thông vì ăn của đút mà góp phần thay đổi di chiếu, để ngai vàng nhà Lý sau đó, rơi vào tay Thiên Tộ, tức vua Lý Anh Tông. Mà như ta đã biết, vua Lý Anh Tông thay cha trên bệ rồng quản nước khi tuổi còn trẻ thơ, để đến nỗi triều chính bị quyền thần Đỗ Anh Vũ lũng đoạn. Mà nào chỉ thế, trong Việt sử tiêu án dẫn sách Quế hải chí nhà Tống còn cho biết, Lý Thiên Lộc vì không được làm vua nên sau này, đã cho người sang tố cáo với nhà Tống. Tuy nhiên nhà Tống không vì việc này mà phiền đến nhà Lý, ngược lại, còn bắt tội Thiên Lộc.