Theo đánh giá từ Bộ GD&ĐT, mỗi phương án đều có ưu, nhược riêng. Theo đó, phương án 1 sẽ thi hết được 4 môn học bắt buộc trong chương trình, tuy nhiên, lại làm tăng áp lực thi cử, gây tốn kém do số buổi thi tăng lên. Ngoài ra, với 4 môn bắt buộc là Toán, Ngữ văn, Lịch sử, Ngoại ngữ, nếu chọn phương án 1, số môn xã hội nhiều hơn số môn tự nhiên, sẽ không công bằng cho các thí sinh.

Lựa chọn 3 + 2 có ưu điểm là công tác tổ chức thi và việc thi của thí sinh sẽ được giảm nhẹ hơn, giảm áp lực, giảm tốn kém so với hiện nay. Việc được chọn 2 môn lựa chọn để thi giúp thí sinh phát huy năng lực sở trường; tạo điều kiện thuận lợi trong việc sử dụng kết quả thi tốt nghiệp THPT để xét vào các cơ sở giáo dục đại học.

Tuy nhiên, nhược điểm của phương án này là có thể ảnh hưởng đến việc dạy và học môn Lịch sử và Ngoại ngữ, hai môn này hiện nay đang là môn bắt buộc học.