1997 – 2001: ông là Ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy khóa 17, 18; Phó Chủ tịch rồi Phó Chủ tịch Thường trực UBND tỉnh Quảng Nam kiêm Trưởng ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh Quảng Nam: Chủ tịch Liên minh các Hợp tác xã tỉnh Quảng Nam; đại biểu Hội đồng nhân dân tỉnh khóa 6.

2001 – 2004: ông là Phó Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Nam (nhiệm kỳ 1999 – 2004); Bí thư Ban cán sự đảng UBND tỉnh. Đại biểu Quốc hội khóa XI, Trưởng đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Quảng Nam, Ủy viên Ủy ban Kinh tế - Ngân sách của Quốc hội khóa XI.

2004 – 2006: Phó Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Nam (nhiệm kỳ 2004-2009); đại biểu HĐND tỉnh khóa 7; Đại biểu Quốc hội khóa XI, Ủy viên Ủy ban Kinh tế - Ngân sách của Quốc hội khóa XI; Chủ tịch Liên hiệp các hội KHKT tỉnh Quảng Nam.

3/2006-5/2006: ông là Phó Tổng Thanh tra Chính phủ. Tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ X của Đảng được bầu vào Ban chấp hành Trung ương Đảng.

6/2006 – 8/2007: ông là Ủy viên Trung ương Đảng, Phó Bí thư Đảng ủy, Phó Chủ nhiệm Thường trực Văn phòng Chính phủ, Ủy viên Ủy ban Kinh tế - Ngân sách của Quốc hội khóa XI.

Từ 8/2007 đến nay: ông là Ủy viên Trung ương Đảng, Ủy viên Ban Cán sự đảng Chính phủ, Bí thư Đảng ủy, Bộ trưởng – Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ, Tổ trưởng Tổ công tác chuyên trách cải cách thủ tục hành chính của Thủ tướng Chính phủ; Ủy viên Ban chấp hành Đảng bộ khối các cơ quan Trung ương. Tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ XI của Đảng được bầu vào Ban chấp hành Trung ương Đảng, được Trung ương bầu vào Bộ Chính trị; Đại biểu Quốc hội khóa XIII. Tại Kỳ họp thứ nhất Quốc hội Khóa XIII, được Quốc hội phê chuẩn làm Phó Thủ tướng Chính phủ.