Đến thời Lê, Mạc, cụ thể là vào năm Tân Sửu (1661) chùa được làm mới tòa Thiêu hương, Tiền án, trùng tu tòa Tiền đường, Hậu đường. Sang thời Nguyễn, đặc biệt vào các đời vua Tự Đức, Thành Thái, Khải Định, Bảo Đại… chùa tiếp tục được trùng tu tôn tạo nhiều lần với quy mô to lớn.

Trong kháng chiến chống thực dân Pháp, chùa bị phá hủy nhiều hạng mục công trình, các vị tăng ni trụ trì đã cùng với nhân bản thôn gìn giữ bảo lưu được toàn bộ hệ thống tượng Phật. Hòa bình lập lại, trụ trì bản tự cùng nhân dân lại hiệp sức hưng công, huy động thiện nam tín nữ chư vị phật tử thập phương quyên góp tiền của phục dựng lại ngôi chùa với dáng vẻ uy nghi như hiện nay. Chùa được xoay lại theo hướng Nam, gồm các hạng mục công trình như: Tiền đường, Thượng điện, Nhà địa tạng, Nhà tổ, Nhà mẫu, Gác chuông, lầu Quan Âm, khu tháp mộ…

Theo nội dung văn bia dựng ngày 28 tháng 12 niên hiệu Cảnh Trị 4 (1666) cho biết, chùa ngoài thờ chư tôn Phật pháp như các ngôi chùa khác còn phụng thờ Phật tổ đại thánh Trần triều Trúc lâm đệ nhất tịnh tuệ Giác hoàng điều ngự kim Phật (tức vua Trần Nhân Tông). Ông sinh ngày 11 tháng 11 năm Mậu Ngọ (1258). Năm 21 tuổi (1278) lên ngôi hoàng đế, trải hai niên hiệu Thiệu Bảo và Trùng Hưng. Trần Nhân Tông là một vị vua anh minh, yêu nước và anh hùng bất tử trong lịch sử dân tộc Việt Nam, đã chủ trì hai cuộc kháng chiến chống giặc Nguyên Mông, giành thắng lợi rực rỡ.

Vua Trần Nhân Tông là con trưởng của Trần Thánh Tông, khi sinh ra thân sắc như vàng ròng, được vua cha đặt tên cho là Phật Kim, về sau còn có tên là Phật Tôn, Trần Khâm. Năm 16 tuổi, ngài cố từ chối đến ba lần mà không được, bất đắc dĩ phải lập làm thái tử. Sau khi kết hôn, tuy cầm sắt hòa hợp nhưng thâm tâm vẫn thấy hàn đơn bóng chiếc. Trước khi lên ngôi, ngài đã từng trốn đi tu mà không được. Khi lên ngôi vua, ngài sống thanh tịnh, thường ở chùa Tư Phúc trong nội điện, ăn chay niệm Phật. Ngài bản tính thông minh, ham học, đọc hết các sách, thông hiểu nội kinh ngoại điển, thường mời các thiền gia đến giảng về Tâm tông, được Tuệ Trung Thượng sĩ tận tình chỉ bảo.

Toàn cảnh tòa Tiền đường, chùa Thánh Ân

Năm 1299, khi đã 41 tuổi, sau một thời gian dài ăn chay học Phật, ngài xuất gia khoác áo tăng sĩ đi chu du khắp nước vào đến tận kinh đô Chiêm Thành rồi mới về tu ở chùa Hoa Yên, núi Yên Tử, lấy pháp hiệu là Hương Vân Đại Đầu Đà, còn gọi là Trúc Lâm Đại Đầu Đà. Ngài được nhận là người truyền thừa và sáng lập ra phái Thiền Tông Trúc Lâm Yên Tử ở nước ta. Tương truyền sau cuộc binh lửa chống giặc ngoại xâm Nguyên Mông, chính đức vua là người đã ban ân điển và cho xây dựng ngôi chùa này và đặt tên là Thánh Ân, nghĩa là ân điển của vua ban. Trải trường kỳ lịch sử, để tưởng nhớ công lao của ngài, các thế hệ nhân dân nơi đây đã không ngừng góp công góp của, thành kính hương hỏa phụng thờ trang nghiêm tại bản tự.

Cùng với giá trị về kiến trúc, về người được thờ, giá trị nổi bật của chùa Thành Ân còn được thể hiện ở những cổ vật còn bảo lưu được, tiêu biểu như: 01 chuông đồng niên đại Cảnh Hưng (1768) và 19 bia đá. Trong đó bia có niên đại sớm nhất được dựng vào năm Đoan Thái (1586) đời Mạc Mậu Hợp, 04 bức đại tự, ván in Hải hội, hệ thống tượng Phật... Những cổ vật của chùa Thánh Ân là di sản văn hóa quý giá, không những minh chứng cho sự ra đời của ngôi chùa trong lịch sử mà còn cho biết nhiều thông tin về địa danh địa giới làng xã, tôn giáo tín ngưỡng, phong tục tập quán của cư dân nơi đây trong lịch sử.

Giá trị của chùa Thánh Ân còn được thể hiện ở lễ hội truyền thống. Hàng năm hội chùa được tổ chức vào ngày 3 tháng 11 (giỗ Thánh tổ Trần Nhân Tông) người đã có công xây dựng chùa. Ngoài ra còn có các ngày sự lệ khác như: ngày 6 tháng 2 cúng giỗ các vị tổ của chùa, ngày giỗ Mẫu mùng 3 tháng 3, ngày Phật đản 15 tháng 4… Trong lễ hội với nhiều nghi thức cúng Phật trang nghiêm, quy mô tổ chức mở rộng trong toàn xã, nhân dân địa phương và quanh vùng đều đến dâng hương hành lễ. Vào các ngày tuần tiết, sóc vọng hàng tháng các cụ trong làng đều sửa biện hương đăng hoa nghi, phù lưu oản quả ra chùa lễ Phật tụng kinh, cầu đức Phật phù hộ độ trì, hoằng dương Phật pháp, đem lại sức khỏe cho dân chúng, mùa màng tốt tươi, hưởng cuộc sống an lành ấm no hạnh phúc.

Với những giá trị to lớn, năm 1988 chùa Thánh Ân đã được Nhà nước xếp hạng là di tích Lịch sử - Văn hóa. Hàng năm thu hút đông đảo du khách tham quan, học tập nghiên cứu, tìm hiểu hành trạng của một vị vua nổi tiếng triều Trần có nhiều công lao với quê hương đất nước trong suốt chiều dài lịch sử dân tộc, góp phần tô điểm thêm những nét đẹp văn hóa biểu của quê hương Bắc Ninh - Kinh Bắc nói chung, Cao Đức, Gia Bình nói riêng.