Hải quân Colombia đã tiến hành bốn cuộc thăm dò bằng cách đưa phương tiện lặn điều khiển từ xa xuống độ sâu gần 950 mét ở ngoài khơi nước này, nơi thuyền San Jose “yên nghỉ” hơn ba thế kỷ qua. 

Kết quả cho thấy con tàu cổ không hề bị ảnh hưởng bởi "sự can thiệp của con người”. Các khẩu pháo bị bùn cát bao phủ cùng với các món đồ sành sứ, chai thủy tinh và cả những đồng tiền vàng vẫn còn nguyên vẹn trên xác tàu. Có thể thấy rõ một phần mũi tàu và thân tàu đã bị tảo và động vật có vỏ xâm lấn.

Nhà chức trách Colombia cho biết họ đã tình cờ phát hiện thêm hai xác tàu đắm khác trong sứ mệnh thăm dò tàu San Jose: một chiếc thuyền buồm cỡ lớn từ thời thuộc địa và một thuyền buồm dọc thời hậu thuộc địa. 

"Nhờ các thiết bị công nghệ và nỗ lực của Hải quân Colombia, chúng tôi đã chụp được những bức ảnh với độ chính xác chưa từng thấy trước đây", Tổng thống Ivan Duque phát biểu. Ông cho biết xác tàu được gìn giữ nguyên vẹn nhằm mục đích trục vớt trong tương lai. Tuy nhiên, khi điều đó xảy ra, Colombia sẽ phải đối mặt với sự tranh chấp của Tây Ban Nha và một nhóm người bản địa ở Bolivia.

Ngày 27/11/2015, Hải quân Colombia đã tìm thấy vị trí của tàu đắm San Jose nhờ cỗ máy thăm dò tự động có tên REMUS 6000. Từ những bức ảnh thu được dưới đáy biển, các nhà khảo cổ học đã xác định đây chính là con tàu huyền thoại San Jose nhờ hàng chục khẩu súng đồng có khắc hình cá heo đặc trưng. Chính phủ nước này đã liệt vị trí của tàu cổ trên là một dạng bí mật quốc gia.

Tuy vậy, chiếc thuyền có ba cột buồm cỡ lớn này từng thuộc sở hữu của nhà vua Tây Ban Nha Philip V khi nó bị các tàu chiến của Hải quân Anh đánh chìm gần thành phố cảng Cartagena của Colombia năm 1708. Chỉ vài người trong số 600 thủy thủ còn sống sót. Tại thời điểm đó, nó chứa đầy của cải quý giá, ước tính lên đến 17 tỷ USD theo tỷ giá hiện tại. Trước khi được phát hiện vào năm 2015, thuyền San Jose vẫn luôn là mục tiêu săn lùng của các thợ săn kho báu. Các chuyên gia tin rằng nó chứa ít nhất 200 tấn vàng, bạc và ngọc lục bảo. 

Luật pháp Colombia coi các xác tàu được tìm thấy bên trong lãnh hải là một phần di sản văn hóa quốc gia, có nghĩa là toàn bộ những thứ bên trong con tàu đều không thể đem ra buôn bán. 

Trong khi đó, Tây Ban Nha tuyên bố số của cải này vốn là của họ, còn nhóm người bản địa Qhara Qhara ở Bolivia lại khẳng định là bên được hưởng kho báu vì chính người Tây Ban Nha từng đàn áp tổ tiên của họ khai thác ra chúng trong quá khứ. 

Khi xác tàu được phát hiện, Tổng thống Colombia lúc bấy giờ là ông Juan Manuel Santos đã ca ngợi đó là kho báu quý giá nhất từng được tìm thấy trong lịch sử thế giới. Ông đã đề xuất lấy nguồn tài trợ cho dự án phục hồi thuyền San Jose bằng cách bán đi một phần đồ quý. 

Tổng thống Ivan Duque sau này đã ra lệnh dừng kế hoạch đó lại để bảo đảm xác tàu còn được nguyên vẹn trong địa phận Colombia. Các nhà chức trách nước này đã công bố ý định thành lập một bảo tàng về xác tàu đắm nhằm trở thành niềm tự hào cho Colombia, Caribe và cả thế giới.

Việc trục vớt xác tàu San Jose ở độ sâu gần 1.000 mét dưới mặt biển là một thách thức về mặt công nghệ và khoa học.