Bởi bản chất của chữ ký số chuyên dùng công vụ là dùng công nghệ mật mã để xác thực thông tin dữ liệu và được triển khai sử dụng trong hoạt động công vụ của các cơ quan Đảng, Nhà nước, tổ chức chính trị - xã hội. Kinh nghiệm thế giới cũng như Việt Nam coi mật mã như một vũ khí đặc biệt để bảo vệ an ninh quốc gia, phục vụ phát triển kinh tế - xã hội và do cơ quan thuộc lĩnh vực an ninh quốc gia, quân sự, quốc phòng, đối ngoại của đất nước để quản lý theo một chế độ nghiêm ngặt và phải được mã hóa.

“Nếu như xác định như vậy thì Bộ trưởng Bộ Quốc phòng sẽ chịu trách nhiệm trước Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về việc này”, đại biểu nêu ý kiến.

Mặt khác, theo đại biểu, công vụ là một hoạt động đặc biệt mang tính quyền được pháp lý, được thực thi bởi đội ngũ cán bộ, công chức nhà nước được trao quyền nhằm thực hiện các chức năng, nhiệm vụ của Nhà nước trong quá trình quản lý toàn diện các mặt của đời sống xã hội. Chữ ký số chuyên dùng công vụ là chữ ký của người có thẩm quyền. Mỗi văn bản, mỗi giao dịch công vụ đều có tác động rất lớn và ảnh hưởng đến Nhân dân đến quốc gia, lợi ích của dân tộc.

Vì vậy, chữ ký số chuyên dùng công vụ cần phải được cung cấp, quản lý chặt chẽ, bảo mật và phải giao cho cơ quan về quốc phòng, an ninh quản lý.

Đồng quan điểm, đại biểu Nguyễn Hoàng Bảo Trân (đoàn Bình Dương) cho hay, từ năm 2007 đến nay đã tồn tại 2 hệ thống chữ ký số riêng biệt là chữ ký số chuyên dùng công vụ và chữ ký số công cộng được Chính phủ giao cho 2 cơ quan quản lý. Trong đó, Bộ Quốc phòng quản lý nhà nước về chữ ký số chuyên dùng công vụ. Bộ Thông tin và Truyền thông quản lý nhà nước về chữ ký số chuyên dùng công cộng

Chữ ký số chuyên dùng công vụ là hoạt động có tính đặc thù, trách nhiệm của cơ quan, tổ chức và cá nhân bảo lưu. Đây là thực thi công vụ của Nhà nước thực hiện nhiệm vụ chính trị đòi hỏi cấp độ an toàn, bảo mật cao hơn.

Dự thảo quy định Bộ Thông tin và Truyền thông quản lý nhà nước cả 2 loại chữ ký số thì khi có vấn đề mất an toàn xảy ra thì việc xác định trách nhiệm là không rõ ràng.

Vì thế, đại biểu đề nghị quy định về Bộ trưởng Bộ Quốc phòng thực hiện quản lý nhà nước về giao dịch điện tử trong lĩnh vực cơ yếu, chữ ký số chuyên dùng công vụ theo quy định pháp luật về cơ yếu và giao dịch điện tử.

Không đồng tình chữ ký chuyên dùng công vụ thuộc bí mật nhà nước

Tranh luận với một số đại biều về trách nhiệm quản lý nhà nước về chữ ký số chuyên dùng công vụ, đại biểu Nguyễn Phương Tuấn  (Kiên Giang) cho rằng, dự thảo Luật Giao dịch điện tử (sửa đổi) về cơ bản đã hoàn tất quy định trách nhiệm quản lý nhà nước về giao dịch điện tử, cụ thể là trách nhiệm quản lý nhà nước về chữ ký chuyên dụng công vụ vẫn còn một số ý kiến khác nhau.