Sự kiểm soát gắt gao của nhà thờ bị coi là đã ngăn chặn sự phát triển của khoa học trong thời kỳ này. Mối quan hệ giữa giới nghiên cứu khoa học và Công giáo luôn xuất hiện những tranh cãi gay gắt.

Vị thế của Công giáo khẳng định rằng không thể có sự bất hòa giữa các nhà khoa học và tôn giáo. Nhưng đã có không ít các nhà khoa học bị bức hại bởi lý thuyết khoa học của họ bị cho là dị giáo, phù thủy. Dưới đây là những nhà khoa học có mâu thuẫn với Giáo hội và đã bị sát hại dã man.

Roger Bacon

Roger Bacon (1220-1292) là một triết gia người Anh và là một nhà khoa học tự nhiên tài năng, được coi là một trong những người tiên phong của "phương pháp khoa học" và được ghi nhận vì những quan sát thực nghiệm của ông.

Tác phẩm vĩ đại nhất của ông là Opus Major, bao gồm các phương pháp nghiên cứu toán học, quang học, thuật giả kim và thiên văn, với các lý thuyết về vị trí và kích cỡ của các thiên thể. Bacon đã bị chính quyền giáo hội giam giữ vào khoảng năm 1279 và đã chết trong khi đang bị bắt.

Bacon là một trong những người ưa thích tìm hiểu về tôn giáo thời Trung cổ. Từ chối tất cả mọi thứ từ chủ nghĩa triết học kinh viện đến lịch Julian để chấp nhận học thuyết Công giáo về thẩm quyền của Giáo hội, Bacon đã nảy sinh sự hoài nghi về chế độ giáo hội.

Ông bị cầm tù năm 1279 vì đã xuất hiện tư tưởng chống đối giáo hội và suốt cuộc đời bị buộc ở trong trại giam tại Franciscan, nơi ông cuối cùng bị chết trong tù. Tuy nhiên, cũng có thông tin cho rằng ông không bị bức hại vì những ý tưởng khoa học hay những lý thuyết khoa học của mình, mà vì đã lăng mạ các giáo sĩ trong cuốn Compendium Studii Philosophiae xuất bản năm 1271 của ông.

Cecco d 'Ascoli

Cecco d 'Ascoli (1257-1327) là một nhà bách khoa toàn thư, bác sĩ và chuyên gia người Ý chuyên về toán học và thiên văn học. Ông là một giáo sư về thiên văn tại Đại học Bologna và là một nhà thiên văn học nổi tiếng khi phát hiện ra một miệng núi lửa đặt trên mặt trăng. Ông bị cho là dị giáo và bị thiêu chết tại Florence, ông là giáo sư đại học đầu tiên bị kết án tử hình bởi giáo hội.

Giống như Bacon, Ascoli được biết đến như là một người hoài nghi tôn giáo, người đã tránh học thuyết của Giáo hội để ủng hộ các sự kiện khoa học. Ông bị buộc tội vì "căm ghét" tôn giáo và vì sự cống hiến của ông cho khoa học thực nghiệm. Ông bị thiêu cháy vào năm 1327 như là một ví dụ điển hình để ngăn chặn các giáo sư đại học thời đó không nên quá quyết đoán trong việc thúc đẩy lý thuyết khoa học.

Michael Servetus

Michael Servetus (1509-1553), được biết đến là một bác sĩ Tây Ban Nha, nhà thần học, người lập bản đồ, và học giả người Mỹ. Chuyên môn của ông trải dài trong nhiều lĩnh vực; ông đã viết các luận án về toán học, thiên văn học, khí tượng học, địa lý, giải phẫu người, dược phẩm và dược học, cũng như bài luận án và làm thơ.

Năm 1553, ông bị Tòa án Inquisition kết án tử hình ở Vienna, mặc dù cuối cùng ông lại bị người Calvin giết chết ở Geneva vào cuối năm đó.

Servetus không phải là một người hoài nghi tôn giáo. Ông chỉ bác bỏ các nguyên lý của tín ngưỡng Công giáo và Tin Lành. Bởi vì ông là một người theo phái Unitarian, ông cũng bác bỏ học thuyết về Thiên Chúa Ba Ngôi. Servetus tin rằng học thuyết về Ba Ngôi đại diện cho tham nhũng ngoại giáo được đưa vào đức tin Kitô giáo thông qua các triết gia Hy Lạp. Ông hy vọng ý tưởng của ông sẽ giúp thanh lọc Kitô giáo, như ông đã tranh luận trong 1553 cuốn Phục hồi Cơ đốc giáo của mình.

Nhà cầm quyền giáo hội ở Vienne (và người Calvin ở Geneva) không thể chấp nhận thách thức đặt ra cho các tín đồ của họ bằng các tư duy khoa học của Michael. Thay vì đối phó với các lập luận hoài nghi của ông một cách hợp lý, họ đã biến Michael Servetus trở thành một người tử vì khoa học.

Lucilio Vanini

Nhà triết học và bác sĩ Lucilio Vanini (1585-1616) là một người Công giáo và đã được ghi nhận là học giả thời kỳ cuối Phục hưng. Ông là một kẻ đối lập chính trị với các giáo hoàng, và được biết đến như một người đề xướng sớm về một số hình thức tiến hóa từ loài linh trưởng.

Ông đã từng rời bỏ Giáo hội vì chủ nghĩa Anh giáo nhưng sau đó trở lại đức tin.Vanini là một trong những nhà tự nhiên học vĩ đại đầu tiên, người đã cho rằng các sự kiện siêu nhiên tác động tới trí tưởng tượng của con người. Chủ nghĩa tự nhiên của ông đã khiến cho ông gặp mâu thuẫn với các nhà cầm quyền của Giáo Hội, những người đã truy đuổi ông ta từ thành phố này đến thành phố khác cho đến khi ông bị buộc phải dùng căn cước giả mạo.

Ngay cả điều này cũng không thể cứu ông ta khỏi cuộc truy nã, săn đuổi điên rồ, cuối cùng ông được tìm thấy, bị chết trong một hoàn cảnh vẫn được coi là bí ẩn vào năm 1619. Nhưng dư luận thời đó cho là ông bị các nhà chức trách ở Toulouse hạ sát vì tội báng bổ và dị giáo. Ông bị bóp cổ chết, cắt lưỡi và cơ thể bị đốt cháy.

Tommaso Campanella

Đô đốc Dominican Tommaso Campanella (1568-1639) là một nhà chiêm tinh, triết gia và nhà thơ Ý. Ngay từ đầu sự nghiệp văn thư của mình, ông trở nên bất mãn với tư tưởng Aristotle và trở thành người đề xướng chủ nghĩa kinh nghiệm mới. ông bị giam giữ trong một thời gian ngắn bởi tòa án Inquisition vì tham gia vào việc suy đoán chiêm tinh.

Sau đó ông được thả ra nhưng đã bị bắt giữ ở Calabria, bị tra tấn, và đã phải ở tù trong hai mươi sáu năm. Cuối cùng ông được thả ra để tham gia vào phiên tòa của Đức giáo hoàng Urban VIII và đã có một số sự liên hệ sâu xa trong vụ Galileo. Vì tuổi tác đã cao, lại gặp rắc rối chính trị, Tommaso phải lưu vong đến triều đình Louis XIII tại Pháp, nơi ông qua đời vào năm 1639.

Theo nhiều thông tin, vụ tra tấn và giam cầm của Campanella là do những hoạt động chính trị cực đoan chứ không phải những ý tưởng khoa học của ông.

Kazimierz Lyszczynsk

Kazimierz Lyszczynsk (1634-1689) mặc dù không phải là một nhà khoa học nổi tiếng, ông chỉ là một người lính Ba Lan và quý tộc, nhưng cũng là một học giả nghiệp dư và triết gia. Lyszczynsk được giáo sĩ dòng Tên đào tạo nhưng sau đó đã trở thành một đối thủ của Hiệp hội.

Ông bị bắt và buộc tội chủ nghĩa vô thần và báng bổ dựa trên bản thảo vô thần được cho là có tựa đề "Về sự không tồn tại của Thiên Chúa". Ông bị lên án và bị chặt đầu vào năm 1689 sau khi bị cắt lưỡi và bị thiêu xác.