Ngày 22/4/1962, nhà nghiên cứu Trần Huy Bá kiểm tra pho tượng thì phát hiện phía sau bệ gỗ pho tượng đặt áp sát vào tường có dòng chữ ghi: "Bính Ngọ tạo Quang Trung tượng" - "Năm Bính Ngọ tạc tượng vua Quang Trung". Từ đó, những bí mật dần dần được hé lộ khi các nhà nghiên cứu tập trung tìm hiểu. Đối chiếu với lạc khoản ở đôi câu đối trên, xác định được đó là năm Bính Ngọ 1846.

Nhiều đời nay người làng Khương Thượng vẫn truyền tai nhau câu chuyện về cụ Vũ Viết Ca, sống cách đây trên 100 năm, trước khi qua đời, trong những điều truyền lại cho con cháu có nhắc đến chuyện "pho tượng lạ" với đôi câu đối cũng khác thường. Theo đó, hai bên ngai thờ Đức Ông có đôi câu đối như sau: "Động lý vô trần, đại địa sơn hà lưu đống vũ/ Quang Trung hóa Phật, tiểu thiên thế giới chuyển phong vân".

Dịch nghĩa: "Trong động sạch bụi dơ, non sông rộng lớn lưu truyền lương đống/ Giữa ánh sáng thành Phật, tiểu thiên thế giới chuyển động gió mây".

Theo nhiều nhà nghiên cứu, ở câu đối thứ hai nếu được đọc đầy đủ phải là: "Quang trung hóa Phật vô số ức…", có nghĩa: "Trong ánh sáng (quang trung) có vô số hóa Phật". Nhưng câu đối này cũng có thể hiểu theo nghĩa khác: "Vua Quang Trung hóa thành Phật...". Nghĩa thứ hai này hoàn toàn không có gì trở ngại đối với câu văn chữ Hán.

Về đôi câu đối, dân làng tương truyền là di bút của Thánh Cao Bá Quát ca ngợi công đức của nhà vua Quang Trung, chỉ một trận đánh, quét sạch quân xâm lược ra khỏi bờ cõi, công đức thật lớn lao. Đồng thời, phía trên pho tượng Đức Ông còn có bức hoành phi sơn son thiếp vàng, khắc bốn chữ đại tự "Uy phong lẫm liệt" treo trước bàn thờ.

Trước những chứng tích còn xót lại, nhiều người vẫn cho rằng chưa thể vội kết luận pho tượng lạ này là tượng vua Quang Trung. Tuy nhiên, trong cuốn tài liệu giới thiệu về chùa Bộc được in năm 1991 lại khẳng định: "không thể căn cứ vào đó, để cho rằng pho tượng Đức Ông ở chùa Bộc, không phải là tượng vua Quang Trung; bởi vì sự trả thù dã man của nhà Nguyễn là không thể tưởng tượng được. Những người ngưỡng mộ Tây Sơn đã tìm cách che dấu sự chú ý của vua quan nhà Nguyễn, nên đã mượn vị Bồ tát Quang Trung để biểu lộ lòng thành kính của họ đối với vị anh hùng của dân tộc".

Trước đó, tháng 5/1962, nhà sử học Trần Huy Liệu đã cho đăng bài báo "Tượng lạ chùa Bộc hay lòng dân yêu mến anh hùng" để góp phần làm sáng tỏ về lai lịch của pho tượng đức ông ở chùa Bộc. Theo bài báo, pho tượng này chính là tạc vua Quang Trung cho nên mới có hai người hầu ngồi dưới. Nhưng vì triều Nguyễn trả mối thâm thù với triều Tây Sơn cho nên người dân muốn thờ vua Quang Trung phải núp dưới danh nghĩa tượng đức ông để tránh con mắt dòm ngó của triều đình.

10 năm sau, trên báo Cứu Quốc, số tháng 2/1972, tác giả Đạm Duy kể ra một câu chuyện có phần rõ ràng hơn nữa rằng: "Chính ông Nguyễn Kiên, một võ tướng cai quản đội tượng binh Tây Sơn, sau trở thành nhà sư, tu ở chùa Bộc đã cho tạc tượng vua Quang Trung". Ông Nguyễn Kiên là con một thầy đồ trong làng. Ông theo nghĩa quân Tây Sơn làm quản tượng, dẫn nghĩa binh làng Khương Thượng đánh quân Thanh rồi đi tu ở Chùa Bộc.

Chùa Bộc xưa có tên là Sùng Phúc Tự được xây trên khu đất đẹp có thế quy hạc giữa cánh đồng làng Khương Thượng, khi đó còn là trại. Nguyên là trại Khương Thượng xưa thuộc huyện Quảng Đức, phủ Phụng Thiên. Theo những tài liệu để lại thì chùa đã được xây dựng từ thời hậu Lê, thế kỷ 17. Bia cổ nhất của chùa còn ghi niên hiệu Vĩnh Trị nguyên niên, thời Lê Hy Tông (1676). Bản lịch sử của chùa có ghi vào năm 1676, đời vua Lê Hy Tông, vị Tăng lục Trương Trung Bá cùng nhân dân xây dựng lại chùa đã bị chiến tranh tàn phá.

Trong trận Đống Đa Kỷ Dậu (1789), chùa bị thiêu trụi và ba năm sau, năm 1792, thời Quang Trung, chùa được trùng tu lại trên nền cũ làm nơi quy y cho vong hồn quân Thanh và được đổi tên là chùa Thiên Phúc. Tuy nhiên nhân dân vẫn quen gọi là Chùa Bộc để chỉ xác giặc bị phơi ra khắp nơi trong trận chiến đánh bại 29 vạn quân Thanh khi xưa của vua Quang Trung.

Theo sử sách để lại, sau trận này, xác giặc chết ngổn ngang, la liệt khắp nơi. Xác giặc nhiều đến nỗi, khi chiến tranh kết thúc, người dân gom xác giặc đem chôn rồi lấp đất lại đắp thành mười mấy cái gò ở quanh khu vực. Bộc có nghĩa "phơi bày" nghĩa là ngôi chùa được xây dựng ngay nơi chiến địa mà quân thù chết phơi thây.

Chùa có những liên hệ mật thiết với chiến thắng Kỷ Dậu (1789) của quân Tây Sơn. Ngay phía trước chùa Bộc vẫn còn một cái hồ được gọi là hồ Tắm Tượng, nơi đội hình voi của nghĩa quân Tây Sơn tắm sau khi hạ được đồn Khương Thượng. Ngày nay diện tích hồ bị thu nhỏ lại rất nhiều so với trước.

Sau lưng chùa còn có di tích núi Loa (Loa Sơn), nơi tướng giặc Sầm Nghi Đống sau khi bại trận dưới tay danh tướng Đặng Tiến Đông nhà Tây Sơn đã thắt cổ tự tử. Sau chiến tranh, để thúc đẩy bình thường hóa quan hệ ngoại giao với nhà Thanh, vua Quang Trung đã cho mang xác Sầm Nghi Đống trả cho nhà Thanh đưa về Trung Quốc chôn cất và còn cho phép Hoa Kiều xây đền thờ Sầm Nghi Đống hay còn gọi là Thanh miếu ở khu vực ngõ Sầm Công, ngày nay là phố Đào Duy Từ, Hà Nội. Dân gian vẫn còn lưu truyền câu: "Đống Đa ghi dấu nơi đây/ Bên kia Thanh miếu, bên này Bộc am".

Trong chùa ngoài hai tấm bia làm năm 1676 còn có bia "Chính hòa Bính Dần" (1686), nhưng quan trọng hơn là bia làm năm Nhâm Tý niên hiệu Quang Trung. Trước năm 1945, hòa thượng Chính Công trụ trì đã khai trường thuyết pháp đào tạo được nhiều tăng, ni.

Năm 1959, phát hiện tấm bia đề niên hiệu Quang Trung tứ niên (1792) và một quả chuông đồng đề niên hiệu Cảnh Thịnh (thời Nguyễn Quang Toản) cũng như một số hiện vật xung quanh gò Đống Đa như lò đúc tiền, hoành phi, câu đối có liên quan đến triều đại Tây Sơn. Chùa đã được Bộ Văn hóa công nhận là Di tích lịch sử - Văn hóa Quốc gia từ năm 1962.