Dây cháy chậm do Anh sản xuất dùng trong vụ ám sát.

Cuối cùng, một bức điện hỏi thẳng vấn đề này được chuyển đến Benes ở Luân Đôn. “Căn cứ vào những gì mà Ota và Zdenek (bí danh của Kubis và Gabcík) đang chuẩn bị, bất chấp sự im lặng của họ, chúng tôi đoán rằng họ đang chuẩn bị ám sát H”, giới lãnh đạo kháng chiến gửi điện để lục vấn. “Vụ ám sát này sẽ không giúp gì cho quân đồng minh và sẽ mang lại những hậu quả thảm khốc cho đất nước chúng ta”.

Benes không đếm xỉa gì đến lời cảnh báo, và Gestapo đã bắt được bức điện đó vào hôm 12/5. Heydrich được khuyến cáo áp dụng thêm các biện pháp an ninh, chẳng hạn như bố trí một đội hộ tống đi cùng và lắp đặt thêm vỏ thép cho chiếc ô tô của hắn. Tuy nhiên, Heydrich không để tâm đến các lời khuyên này, khiến cho đám thuộc cấp cảm thấy tức giận. “Heydrich cho phép áp dụng các biện pháp an ninh chung nhưng từ chối có đội hộ tống riêng, với lý do rằng điều đó sẽ làm tổn hại đến uy tín của nước Đức”, viên chỉ huy Gestapo chịu trách nhiệm điều tra vụ ám sát sau này viết. “Thái độ kiêu ngạo và dáng vẻ cao lớn bề ngoài có lẽ đã khiến hắn có thái độ như vậy. Hắn chắc chắn cho rằng người Séc sẽ không dám động đến một sợi lông chân của hắn”.

Quả lựu đạn còn thừa trong vụ phục kích Heydrich.

Sáng thứ ba ngày 26/5/1942, Heydrich ở trong tâm trạng hết sức thoải mái. Hắn sắp bay về diện kiến Hitler vào cuối ngày hôm đó, hy vọng vận động để được thăng cấp. Đêm trước hôm đó, hắn chơi lại một vài bản nhạc do cha hắn sáng tác, thậm chí tự viết một vài nốt nhạc. Hắn dành buổi sáng nhàn rỗi đó để ăn sáng và dạo chơi trong các khu vườn của tòa lâu đài cùng với ba đứa con và người vợ lúc này đang mang thai đứa con thứ tư. Sau cùng, hắn nhét vào cặp một số tài liệu cần thiết cho cuộc gặp mặt với Hitler và leo lên chiếc xe Mercedes mui trần màu xanh đậm.

Cách đó vài km, đội ám sát đã ém sẵn vào vị trí đã chọn. Họ đi xe đạp đến một điểm dừng tàu điện trên sườn đồi. Vũ khí của họ được giấu trong những chiếc cặp kẹp ở ghi đông. Để ngụy trang khẩu súng Sten, Gabcík mặc một chiếc áo mưa, cho dù thời tiết hôm đó khá ấm áp và bầu trời không có một bóng mây. Nhân vật thứ ba, một trong hàng chục lính dù đang hoạt động ở Praha, được tuyển mộ làm người canh chừng và đánh tín hiệu khi thấy Heydrich xuất hiện.

Lúc 10 giờ 32, họ nhận được tín hiệu và chiếc xe của Heydrich lên đến đỉnh đồi ngay lúc một chiếc xe điện chở đầy hành khách đang chạy đến phía sau. Kubis và Gabcík lên đạn trong sự hồi hộp lên đến cực điểm. Khi chiếc xe hơi giảm tốc độ để vào khúc cua gấp, Gabcík nhảy xuống đường và chĩa khẩu súng vào Heydrich. Nhưng khi anh bóp cò, khẩu Sten bị hóc đạn. Do quá tức giận, Heydrich đã phạm phải một sai lầm chết người. Thay vì ra lệnh cho tài xế nhấn ga và tăng tốc thoát khỏi khu vực bị phục kích, viên chỉ huy lực lượng SS dừng xe, đứng bật dậy và rút khẩu súng đeo bên sườn để chiến đấu với sát thủ mà hắn nghĩ chỉ đi một mình.

Lúc đó, Kubis chạy ra khỏi chỗ nấp ở bên kia đường và ném một trong những quả lựu đạn được chế tạo đặc biệt vào chiếc ô tô. Điều không may lại xảy đến với họ: Thay vì rơi vào trong chiếc xe mui trần, quả lựu đạn chạm phải sườn bên của chiếc Mercedes, ngay trước bánh sau. Một tiếng nổ vang lên khiến chiếc xe bị hư hỏng nặng và một mảnh lựu đạn văng vào mặt Kubis. Heydrich và tài xế của hắn sững sờ, nhảy ra khỏi xe, chia nhau ra đuổi theo những người lính biệt kích đang tìm đường chạy trốn.

Kubis lao vào đám đông đang đứng ở điểm dừng tàu điện, chĩa khẩu côn tự động 38 mm rồi bóp cò để giải tán đám người đứng quanh đó. Viên tài xế của Heydrich, một tên sĩ quan SS to lớn nhưng vụng về tên là Johannes Klein, đuổi theo nhưng khẩu súng của hắn bị hóc đạn. Mặt bị nhòe nhoẹt máu, Kubis cố gắng leo lên chiếc xe đạp và lao xuống dưới chân đồi, khiến Klein không thể đuổi kịp.

Gabcík không được may mắn như thế. Khi đám khói bụi đã tan, anh trông thấy trước mặt bóng dáng đáng sợ của tên sỹ quan bảo vệ Heydrich. Hắn đang lao về phía anh, khẩu súng tự động cỡ nòng 7,65 mm chĩa thẳng vào anh. Gabcík buông khẩu súng tiểu liên bị hỏng xuống đất, rút khẩu súng ngắn của anh và nấp sau một cái cột. Heydrich nấp sau chiếc xe điện lúc này đã dừng hẳn và bắt đầu bắn về phía Gabcík, nhưng đột nhiên hắn gập người đau đớn do hứng trọn quả lựu đạn của Kubis. Một mảnh kim loại văng ra từ vụ nổ đã xuyên qua ghế sau của chiếc xe hơi không được bọc thép và găm trúng vào lưng Heydrich. Cố nén đau, hắn loạng choạng quay trở lại chiếc xe Mercedes và đổ gục xuống, tạo cơ hội cho Gabcík trốn thoát.

Khi chạy lại, Klein thấy Heydrich đang nằm xoài người trên nắp capô của chiếc ô tô, máu túa ra, thấm qua bộ quân phục. “Tóm cổ những con chó hoang đó lại”, Heydrich ra lệnh cho viên sĩ quan SS. Klein - súng của hắn lúc này vẫn còn bị hóc đạn - tìm cách dồn Gabcík vào một cửa hàng bán thịt. Nhưng người lính biệt kích người Séc bắn trúng vào chân của hắn ta và biến mất qua một lối mòn ven đường.

Trong khi đó, những người dân ở điểm dừng xe điện vẫy một chiếc xe tải chạy ngang qua đang chở đầy chất đánh bóng mặt sàn và khiêng tên sĩ quan SS lên thùng sau. Chiếc xe tải lao đến bệnh viện gần nhất, nơi một cuộc kiểm tra X-quang cho thấy toàn bộ tình trạng vết thương của Heydrich. Mảnh lựu đạn đã xé nát xương sườn số 11 của Heydrich, đâm thủng dạ dày và kéo theo một số sợi dây thép và lông ngựa từ nệm ghế xe vào lá lách của hắn.

Chưa đầy hai tiếng sau, tin xấu này được thông báo đến Hitler. Phản ứng đầu tiên của hắn là ra lệnh tiến hành các cuộc trả thù dã man. Hàng nghìn dân thường Séc bị bắt giữ và bất kỳ tù nhân chính trị nào đang bị giam giữ - kể cả những nhân vật chính trị nổi tiếng như thủ tướng - đều bị đem ra bắn. Để giúp tìm ra thủ phạm của vụ ám sát, một phần thưởng trị giá một triệu mác Đức được đưa ra, kèm theo tuyên bố sẽ xử tử bất kỳ kẻ nào cùng toàn bộ gia đình họ nếu bị phát hiện giúp đỡ những kẻ ám sát.

Phản ứng thái quá của tên quốc trưởng một phần là do giận dữ, một phần là do thần kinh bị kích động. Trận phục kích Heydrich là vụ ám sát đầu tiên nhằm vào một quan chức cao cấp của chính quyền phát xít Đức. Là những kẻ đi xâm chiếm châu Âu, người Đức là mục tiêu tấn công hàng đầu. Như Goebbels nhận xét vài ngày sau một một cuộc họp với Hitler, “Quốc trưởng tiên liệu về khả năng các vụ ám sát sẽ gia tăng nếu chúng ta không áp dụng các biện pháp mạnh và tàn nhẫn”.