Di chứng thần kinh nặng nề do viêm não Nhật Bản B Hầu hết trường hợp nhiễm vi rút viêm não Nhật Bản không có triệu chứng hoặc có sốt, sau đó tự hết. Chỉ dưới 1% phát triển thành thể viêm não, tuy nhiên thường diễn biến nặng, tỷ lệ tử vong cao.
