Theo hiến pháp Mỹ, Tổng thống Mỹ là Tổng tư lệnh tối cao của các Lực lượng Vũ trang Mỹ. Trong khi đó Bộ Quốc phòng là một phần của bộ máy hành chính liên  bang, nơi các chính sách quân sự được thực hiện.

Có một điều khá thú vị là hầu hết các vị trí chủ chốt nằm quyền kiểm soát Quân đội Mỹ đều do các chính trị gia dân sự nắm giữ, thay vì các tướng lĩnh. Trong đó bao gồm cả Bộ trưởng Quốc phòng - một trong thành viên Nội các Mỹ.

Bộ trưởng Quốc phòng Mỹ được xem như là tổng tư lệnh thứ 2 của Lực lượng Vũ trang Mỹ (chỉ sau quyền tổng thống).

Để điều phối các chính sách quân sự trong và ngoài nước, Tổng thống Mỹ dựa vào một Hội đồng An ninh Quốc gia với một loạt các cố vấn an ninh. Cả Tổng thống Mỹ và Bộ trưởng Quốc phòng Mỹ được cố vấn bởi một Bộ Tổng tham mưu Liên quân Mỹ gồm sáu thành viên là lãnh đạo của các quân chủng.

Bộ Tổng tham mưu Liên quân Mỹ do Tổng Tham mưu trưởng Liên quân Mỹ và Tổng tham mưu phó Liên quân Mỹ lãnh đạo.