Tuy nhiên, trong Tam quốc diễn nghĩa, để Tào Tháo có thể ban ra chính lệnh để sai khiến chư hầu, làm chủ Trung Nguyên, chiếm phần lớn nhất và có thế lực mạnh nhất trong các chư hầu. Đó là nhờ vào việc Tào Tháo nắm được thiên tử trong tay.

Sau khi Đổng Trác bị Vương Doãn và Lã Bố giết năm 192, thủ hạ là Lý Thôi và Quách Dĩ mang quân đánh báo thù, đánh chiếm Trường An, giết Vương Doãn và đuổi Lã Bố. Hai người chia nhau nắm quyền ở Trường An, Hán Hiến Đế vẫn bị khống chế như trước.

Năm 194, trong khi các chư hầu ở Sơn Đông giao tranh kịch liệt thì Lý Thôi và Quách Dĩ cũng phát sinh mâu thuẫn đánh nhau ở Trường An. Chiến sự kéo dài sang năm 195, nhân dân bỏ kinh thành chạy, lực lượng cả hai đều bị yếu đi. Hán Hiến Đế trốn khỏi chỗ Lý và Quách cùng các cận thần chạy về phía đông.

Từ đầu năm 196 đến tháng 7 năm đó, sau hành trình dài, Hán Hiến Đế được đưa trở về Lạc Dương từng bị Đổng Trác đốt phá, ở vào hoàn cảnh rất thiếu thốn và có nguy cơ bị các chư hầu tranh đoạt.

Ở Lạc Dương chỉ còn Đổng Thừa và Hàn Tiêm bên cạnh Hán Hiến Đế. Hàn Tiêm có công hộ giá, tỏ ra cậy quyền, lấn ép các đại thần. Để thưởng công các tướng, Hán Hiến Đế phong Hàn Tiêm làm Đại tướng quân, lĩnh ấn Tư lệ hiệu úy, được cầm tiết việt; Đổng Thừa làm Vệ tướng quân, Dương Phụng làm Xa kỵ tướng quân, Trương Dương làm Đại tư mã.

Vệ tướng quân Đổng Thừa không muốn để Hàn Tiêm hoành hành, bèn bí mật sai người đi triệu Tào Tháo đang có binh hùng tướng mạnh ở Duyện Châu đến cứu giá.

Tào Tháo khởi đại quân từ Duyện Châu tới Lạc Dương, nhờ lực lượng quân sự hùng hậu, nhanh chóng đánh tan lực lượng của Hàn Tiêm. Tiêm thua trận bỏ chạy.

Do Lạc Dương bị tàn phá nặng nề, tháng 9 năm 196, Tào Tháo mang Hán Hiến Đế về Hứa Xương. Trong các đại thần có Đổng Thừa vẫn tiếp tục hộ giá. Dương Phụng từ Khai Phong mang quân tới đánh Tào Tháo để tranh lấy vua Hán Hiến Đế nhưng bị Tào Tháo đánh bại.

Đây là một bước chuyển rất quan trọng trong sự nghiệp của Tào Tháo vì nhà Hán tuy suy nhưng trong lòng mọi người vẫn tôn trọng, việc Tào Tháo nắm được thiên tử sẽ có cớ nhân danh vua ban ra chính lệnh để sai khiến chư hầu.

Tháng 10 năm 196, Hán Hiến Đế đến Hứa Xương. Tào Tháo xong việc bèn quay trở lại Khai Phong đánh Dương Phụng. Phụng thua trận chạy về Dương Châu theo Viên Thuật. Tào Tháo chiếm giữ Khai Phong. Nhận thấy Tào Tháo hộ giá có công, Hán Hiến Đế phong Tào Tháo làm Vũ Bình hầu, giữ chức Tư không kiêm Hành Xa kỵ tướng quân.

Khi đó, Tào Tháo nhân danh Hán Hiến Đế viết thư chỉ trích Viên Thiệu có đất rộng quân nhiều nhưng không chịu phò tá triều đình mà chỉ lo phát triển lực lượng riêng. Viên Thiệu vội dâng thư biện bạch, nguyện hết lòng vì nhà Hán. Tào Tháo bèn nhân danh Hiến Đế bổ nhiệm ông làm Thái úy, tước Nghiệp hầu, còn Tào Tháo tự nhận chức Đại tướng quân (quân hàm cao nhất, trên chức Thái úy).

Viên Thiệu không chịu kém, liền dâng thư lên triều đình Hứa Xương không chịu nhận chức vị. Tào Tháo sợ thế lực của Viên Thiệu lớn mạnh, mà lúc đó Tào Tháo mới chỉ làm chủ được Duyện Châu, vì thế bàn với bá quan trong triều nhường chức Đại tướng quân cho Viên Thiệu. Sau đó Tào Tháo lại nhân danh Hán Hiến Đế bổ nhiệm Viên Thiệu làm Đại tướng quân, đô đốc 4 châu Hà Bắc là Ký, Thanh, U, Tinh.

Từ đó những việc lớn nhỏ trong triều đình nhà Hán đều do Tào Tháo quyết định. Nhiều mệnh lệnh được soạn thảo và ban ra từ phủ Tư không của Tào Tháo. Do tự mình chuyên quyết việc triều đình.