Về phương án sắp xếp tổ chức bộ máy, Quảng Nam dự kiến duy trì 4 sở, ngành thuộc UBND tỉnh, nhưng có sắp xếp, tinh gọn tổ chức bộ máy bên trong, gồm: Sở VH-TT&DL, Sở Tư pháp, Thanh tra tỉnh và Ban Quản lý các khu kinh tế và khu công nghiệp tỉnh.

Tỉnh Quảng Nam cũng định hướng hợp nhất để giảm 6 sở ngành, cụ thể: Kế hoạch và Đầu tư với Tài chính; Giao thông Vận tải với Xây dựng; Tài nguyên và Môi trường với Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Thông tin và Truyền thông với Khoa học và Công nghệ; Lao động - Thương binh và Xã hội với Nội vụ; Sở Ngoại vụ và Văn phòng UBND tỉnh.

Sau khi sắp xếp, tinh gọn bộ máy, tỉnh Quảng Nam sẽ giảm 6 sở và 1 đơn vị sự nghiệp công lập thuộc UBND tỉnh.

Tỉnh Quảng Nam sẽ tổ chức lại Ban Dân tộc thành Ban Dân tộc - Tôn giáo, tiếp nhận chức năng quản lý nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo từ Sở Nội vụ và chức năng quản lý nhà nước về công tác giảm nghèo từ Sở Lao động - Thương binh và Xã hội.

Tổ chức lại Sở Y tế trên cơ sở tiếp nhận chức năng quản lý về bảo trợ xã hội, trẻ em, phòng, chống tệ nạn xã hội từ Sở Lao động - Thương binh và Xã hội; tiếp nhận các chức năng quản lý về an toàn thực phẩm từ các Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Sở Công Thương.

Tổ chức lại Sở Công Thương do tiếp nhận nguyên trạng Cục Quản lý thị trường địa phương từ Bộ Công Thương.

Chuyển chức năng quản lý về giáo dục nghề nghiệp từ Sở Lao động - Thương binh và Xã hội sang Sở Giáo dục và Đào tạo.

Chuyển chức năng liên quan đến công tác vận động viện trợ phi chính phủ nước ngoài, công tác quản lý hoạt động của các tổ chức phi chính phủ nước ngoài tại Việt Nam từ Sở Ngoại vụ về Sở Kinh tế - Tài chính mới.

Với các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc UBND tỉnh Quảng Nam, tạm thời giữ ổn định (nhưng có sắp xếp, cơ cấu lại tổ chức bên trong) đối với Trường Cao đẳng Y tế Quảng Nam, Trường Cao đẳng Quảng Nam, Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình giao thông tỉnh, Đài Phát thanh - Truyền hình Quảng Nam, Ban Quản lý vườn Quốc gia Sông Thanh và Trường Đại học Quảng Nam. Đồng thời hợp nhất Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng tỉnh và Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình nông nghiệp và phát triển nông thôn tỉnh.