Nhà nước Hồi giáo IS và al-Qaeda có chung nguồn gốc khi cả hai đều là sản phẩm của một cuộc chiến tranh. Đặc biệt, Nhà nước Hồi giáo (IS) từng là một nhánh của al-Qaeda ở Iraq. Cụ thể, tổ chức khủng bố al-Qaeda ra đời sau cuộc chiến tranh Afghanistan năm 1979. Trong khi đó, IS ra đời sau khi Mỹ phát động cuộc xâm lược Iraq năm 2003.

Mục đích của những tổ chức này là chống lại Mỹ và thực hiện nhiều cuộc tấn công nhắm vào thường dân theo dòng Hồi giáo Shiite, xoáy sâu vào bất đồng sắc tộc. Thêm vào đó, cả IS và al-Qaeda đều muốn chấm dứt sự ảnh hưởng của phương Tây đối với khu vực Trung Đông, đoàn kết, thống nhất người Hồi giáo thành một tập thể thống nhất.

Abu Musab al - Zarqawi là kẻ sáng lập nhánh al-Qaeda ở Iraq từng tuyên bố trung thành với trùm khủng bố Bin Laden. al-Zarqawi đã thực hiện các vụ đánh bom liều chết và đánh bom xe, khiến nhiều thường dân vô tội thiệt mạng và đẩy Iraq vào sự hỗn loạn thời hậu chiến. Tuy nhiên, năm 2006, Zarqawi chết trong một cuộc không kích của Mỹ. Sau đó, các phần tử al-Qaeda tại Iraq gần như bị quét sạch sau khi Mỹ và các nước càn quét và tiêu diệt trên quy mô lớn.

IS đã đánh chiếm nhiều thành phố, thị trấn và làng mạc và chiêu mộ được hàng ngàn chiến binh thánh chiến.

Sau khi Abu Musab al - Zarqawi, vị trí thủ lĩnh bị bỏ trống được chuyển sang Abu Hamza al-Muhajir. Abu Hamza al-Muhajir giữ liên lạc với giới thủ lĩnh của al-Qaeda và thực hiện nhiều cuộc tấn công khủng bố ở Syria và Iraq.

Ngày 15/10/2006, tổ chức khủng bố mới mang tên Nhà nước Hồi giáo ở Iraq (ISI) được thành lập với người đứng đầu là Abu Omar al-Baghdadi - một phần tử Thánh chiến cực đoan người Iraq.

Kể từ năm 2011, khi cuộc nổi dậy chống chính phủ của Tổng thống Syria Bashar al - Assab nổ ra và nhanh chóng bùng phát thành một cuộc nội chiến toàn diện, ISI đã lợi dụng sự thời thế hỗn loạn để chiếm giữ vùng Đông Bắc Syria, thiết lập một căn cứ tác chiến và đổi tên thành ISIS (Nhà nước Hồi giáo ở Iraq và Syria).

Trong bối cảnh xung đột giáo phái, sắc tộc ngày càng trở nên trầm trọng sau khi Mỹ rút quân tại Iraq cũng như sự quản lý không hiệu quả của chính phủ, nhóm này đã chiêu mộ được thêm nhiều người Sunni tại Iraq. Hiện nay, trong hàng ngũ ISIS đã có cả những thủ lĩnh của bộ tộc người Sunni, những kẻ từng nổi dậy chống Mỹ và cả các cựu sĩ quan quân đội Iraq - những người muốn tìm lại quyền lực như dưới thời Tổng thống Saddam Hussein.

Sau đó, IS đánh chiếm được nhiều nơi như thành phố, thị trấn như: thành phố Fallujah và Ramadi của Iraq, Mosul, Tikrit, al - Qaim...

Đến cuối tháng 6/2014, ISIS đã đổi tên thành IS và tuyên bố chủ quyền đối với vùng lãnh thổ do chúng kiểm soát và gọi là Caliphate (Vương quốc Hồi giáo). Khoảng 1.000 người mỗi tháng gia nhập IS, khiến lực lượng của chúng ngày càng lớn hơn. Hàng nghìn tay súng đến từ 80 quốc gia, trong đó có cả Mỹ gia nhập IS trở thành mối đe dọa lớn.

Trong khi Al - Qeada tự coi mình là kẻ đi tiên phong trong phong trào nổi dậy toàn cầu nhằm huy động cộng đồng Hồi giáo chống lại thế lực thế tục thì IS tìm cách kiểm soát lãnh thổ, thành lập một nhà nước Hồi giáo Sunni “thuần túy”, thực thi giáo luật Sharia khắc nghiệt của đạo Hồi. Thậm chí, IS còn hướng tới việc xóa mờ biên giới chính trị tại Trung Đông do các cường quốc phương Tây định hình từ thế kỷ 20 cũng như tìm kiếm vị thế là thế lực chính trị, tôn giáo và quân sự duy nhất đối với toàn thế giới Hồi giáo.