Từ nửa cuối thập niên 1960, tại miền Nam Việt Nam, mạng lưới chính quyền cách mạng bí mật phát triển mạnh, có ảnh hưởng rộng rãi đối với quần chúng nhân dân. Nhằm đương đầu với mạng lưới này, chính quyền Sài Gòn đã phối hợp của Cục Tình báo Trung ương Hoa Kỳ (CIA) thực hiện chương trình Phượng Hoàng, hay chiến dịch Phượng Hoàng (Phoenix Program).

Diễn ra từ năm 1968 – 1975, mà đỉnh điểm là các năm 1969 – 1971, chương trình Phượng Hoàng là chương trình tình báo, ám sát bí mật, được hoạch định với mục đích phát hiện và "vô hiệu hóa" – bắt giam, chiêu hàng, giết, hoặc kiềm chế – các cán bộ Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam nằm vùng, những người tuyển dụng và đào tạo cơ sở cộng sản tại các xã ấp Miền Nam Việt Nam, cũng đồng thời là những người hỗ trợ các nỗ lực đấu tranh vũ trang.

Khác với các hoạt động quân sự, đây là hoạt động mang tính chương trình của Cảnh sát quốc gia và được chỉ đạo bởi các ủy ban Phượng Hoàng bao gồm đại diện phía dân sự và các tổ chức quân sự bao gồm cứu tế xã hội, các cơ quan tình báo và tuyên truyền. Chương trình được chỉ đạo bởi các chuyên gia tình báo Mỹ, ban đầu là Evan J. Parker, sau đó là Ted Shackley cùng các cấp phó Thomas Clines, Donald Gregg và Richard Secord.

Trong thời gian đầu, chương trình diễn ra trong bí mật. Sau khi các hoạt động dưới quyền chỉ đạo của Gary Leroy và Karl Sherrick gây ra cái chết của 23 người trong tháng 3/1969, Tổng thống Nguyễn Văn Thiệu đã phải công bố chính thức về sự tồn tại của chương trình này.

Trong thời gian tiến hành chương trình Phượng Hoàng, CIA bị tố cáo là đã sử dụng các hình thức tra tấn một cách có hệ thống.

Theo lời K. Barton Osborn, một sĩ quan tình báo quân đội tham gia chương trình thì đã có nhiều hình thức tra tấn dã man như đóng đinh vào tai người bị hỏi cung cho tới chết, trích điện vào chỗ kín của đàn ông và đàn bà... Trong suốt 18 tháng viên sĩ quan này tham gia chương trình, anh ta không thấy bất cứ người nào còn có thể sống sót sau quá trình hỏi cung.

Trung tướng Linh Quang Viên (trái ảnh) - chỉ huy Chiến dịch Phượng Hoàng và là Tổng Ủy viên An ninh Quốc gia, Bộ trưởng Bộ Nội vụ, Đặc ủy trưởng Phủ Đặc ủy Trung ương Tình báo chính quyền Sài Gòn. Ảnh: Công an nhân dân.

Để lấy lại thể diện, CIA cũng đã tiến hành một cuộc điều tra toàn diện về những khai nhận của Osborn và bác bỏ một số chi tiết nhỏ trong lời nói của sĩ quan này nhưng về toàn cục sự tàn bạo của cả chương trình là không thể chối bỏ.

Không chỉ đích thân thực hiện, các viên chức CIA còn huấn luyện cho các đơn vị địa phương của chính quyền Sài Gòn những hình thức khủng bố, bao gồm ám sát, tra tấn, tống tiền và các "kỹ thuật" khác, để đối phó với cán bộ nằm vùng. Việc này giúp các viên chức Mỹ đẩy những phần việc họ không thể làm một cách hợp pháp cho các lực lượng bản địa.

Chương trình Phượng Hoàng đã gây hậu quả xấu đối với cuộc sống của dân cư và làm tăng thêm sự bất mãn trong dân chúng. Chương trình này nguy hiểm ở chỗ nó bị sử dụng để đàn áp những người bất đồng quan điểm với chính quyền bất kể họ là bộ đội Việt Nam hay không.

Chương trình Phượng Hoàng thường được gọi bằng cái tên "chương trình ám sát", và bị chỉ trích là một ví dụ tiêu biểu của những hành động tàn bạo mà CIA đã tiến hành.

Theo thống kê của Mỹ, trong năm 1969, 6.187 người bị giết, 8.515 bị bắt. Tới năm 1971, William Colby đưa ra con số người bị giết trong chương trình này là 20.857.

Con số của chính quyền Sài Gòn còn cao hơn rất nhiều: 40.994 bị giết. Cá biệt, một nhóm dưới sự chỉ đạo của Karl Sherrick và Gary Leroy giết tới 23 người trong một tháng. Các đơn vị của hai người này chịu trách nhiệm về 200 cái chết trong các đợt hành động của họ. Tuy nhiên, chỉ có dưới 10% số nạn nhân của chương trình Phượng Hoàng đã thực sự là mục tiêu của chương trình này.

Sự kinh hoàng của chương trình Phượng Hoàng còn thể hiện ở chỗ, cơ sở để định đoạt một đối tượng có phải là du kích nằm vùng hay không rất thiếu cụ thể, dẫn đến cái chết của hàng nghìn người không trực tiếp liên quan đến các hoạt động đấu tranh. Trong nhiều trường hợp, người này vu khống người kia để mượn tay quân đội Mỹ giết kẻ mình thù oán.

Có ý kiến thậm chí còn cho rằng mục tiêu chính của các quan chức Sài Gòn trong chương trình Phượng Hoàng là tiền bởi CIA treo thưởng 11.000 USD cho mỗi cán bộ nằm vùng bị bắt sống, với những người bị giết chết số tiền này bị giảm một nửa. Tham gia chương trình ám sát này còn có những người từng là tội phạm được CIA trả tiền. Theo lời một người trong số này thì chỉ cần thu thập vài xác chết để lấy tiền là họ có thể sống thoải mái. Một số sĩ quan địa phương thậm chí còn bắt những người vô tội để hoàn thành "chỉ tiêu" của CIA hoặc nhận hối lộ của những người bị bắt để thả họ.

Chương trình cũng góp phần làm trầm trọng đáng kể sự nhũng loạn của hệ thống hành chính, khi nhiều quan chức địa phương đe dọa người dân địa phương hoặc tha bổng người bị bắt vì tiền.

Khi sự tai tiếng của chương trình Phượng Hoàng bắt đầu thu hút sự chú ý của báo chí, CIA dần rút khỏi chương trình này. Các tổ chức bí mật của Mỹ được thế chân bởi các cố vấn tình báo quân sự Mỹ (quá trình này phát triển cùng tiến trình "Việt Nam hóa chiến tranh") và chú trọng vào huấn luyện, tổ chức nhân viên chính quyền Sài Gòn để duy trì áp lực với hệ thống cơ sở của Mặt trận Dân tộc giải phóng miền Nam Việt Nam. 

Có thể nói, chương trình Phượng Hoàng là một trong những dấu mốc nhơ bẩn nhất trong lịch sử tồn tại của CIA. Có ý kiến còn cho rằng, chương trình này gây mất lòng dân chúng hơn bất kỳ hành động nào khác của quân đội viễn chinh Mỹ và chính quyền Sài Gòn trong thời kỳ chiến tranh Việt Nam.